As Cies são um santuário natural e protegido, onde reside uma extraordinária população de aves marinhas. Foram declaradas como Zona Especial de Proteção de Aves (ZEPA) em 1998 e Lugar de Importância Comunitária da Rede Natura da UE, em 2000. Aqui habita a maior colónia do mundo de gaivotas pata-amarela, com cerca de 15 mil pares, de corvos-marinhos e de gaivotas prateadas. Residem ainda espécies ameaçadas como os airos (aves singulares que parecem pinguins). As falésias inacessíveis da costa norte e as ilhotas desabitadas em redor da ilha servem de ninho a estes pássaros. Foram construídas cabanas de madeira, camufladas, de forma a garantir aos visitantes que apreciem estas espécies. Na ilha do Norte há dois observatórios de aves, um perto de Faro do Peito, e outro ao lado do Alto da Campana. É uma visão espantosa e surpreendente observar estes animais no seu habitat natural. Vivem ainda na ilha lagartos, ouriços e coelhos.