Desconhece-se exactamente quem descobriu este tesouro natural, mas sabe-se que já eram habitadas desde a Idade do bronze, e segundo reza a lenda, os romanos, incluindo Júlio César também se admiraram com estas ilhas. Na Idade Média, os monges Bernardo fundaram na ilha de Faro, o mosteiro de São Estevão que, na actualidade alberga o Ponto de Informação do Parque. Estas belas ilhas foram assaltadas pelo temido pirata inglês Francis Drake. As ilhas permaneceram povoadas até ao séc. XX., por uma colónia com cerca de 30 famílias, que formavam a paróquia de São Francisco de Afora, dependente de Vigo, e se dedicavam à pesca e criação de cabras. Esta população acabou por regressar ao continente, e iniciou uma campanha de reflorestação da ilha, à base de pinheiros e eucaliptos, nos anos 50. Com a classificação de Parque Natural, em 1980, arrancou um processo de protecção rigoroso, que passou pelo derrube do monumento a Franco e a introdução de um código ambiental restritivo. Atualmente, apenas a graciosa fauna e os inúmeros visitantes habitam estas ilhas.